O alambique de coluna funciona através do aquecimento de uma mistura líquida, que gera vapores. Estes vapores ascendem pela coluna de destilação, que é equipada com pratos ou bandejas a diferentes níveis, ou um recheio, que proporciona superfícies para o refluxo do condensado.
À medida que os vapores sobem, eles entram em contato com as superfícies frias dentro da coluna e condensam-se parcialmente. Este refluxo líquido que desce encontra-se com vapores que sobem, e ocorre uma troca de calor e massa. Os componentes mais voláteis tendem a subir, enquanto os menos voláteis condensam e voltam para a parte inferior da coluna. Através deste processo contínuo, a mistura é separada progressivamente em seus componentes com base em seus pontos de ebulição.